La fundación del Seminario de Valencia se debió al arzobispo de la diócesis Francisco Fabián y Fuero, dedicándolo a la Inmaculada Concepción y a Santo Tomás de Villanueva, según consta en las Reglas y Constituciones impresas en Valencia en el año 1792. La fundación tuvo lugar el 4 de Noviembre de 1790, ubicándose aquel en la Casa Profesa de los Jesuitas. El día 5 se celebró la solemne imposición de becas a los veinte primeros colegiales, habiendo precedido a esta ceremonia el juramento de defender el Misterio de la Concepción Inmaculada de María. Tras entonarse el “Te Deum”, se pasó a la iglesia donde se cantó y rezó ante el lienzo de la Inmaculada pintado por Juan de Juanes, ubicado en la capilla a ella dedicada. Tras otras ubicaciones, y ya en el siglo XIX, el Seminario se instaló en el Palacio de los Condes del Real, edificio que sufrió distintas transformaciones y mejoras a lo largo del siglo. Con el tiempo, el nuevo seminario se trasladó al término de Moncada.
