Nos dice la historia que en el año 1521, en la época de la Germanía y día de San Miguel, unos muchachos cristianos que jugaban cerca de la mezquita donde después se fundó la iglesia de San Miguel y San Dionisio, tomaron un retablo del arcángel San Miguel que colgaba de la casa de Pedro Miró, sita en la calle Calderería. Cuando por allí pasaba Vicente Peris, que era uno de los trece agermanados, hizo reverencia a la imagen y, tras aquello, se dirigieron todos hacia los moros que estaban en su mezquita, entrando en la morería gritando: “Viva San Miguel y la Fe Cristiana” y, sin poder oponérseles aquellos, colocaron el retablo en la Mezquita. Este edificio se purificó convenientemente y se celebró la primera misa el día 9 de octubre, día de San Dionisio, por lo que esta mezquita purificada y convertida en iglesia se puso bajo la advocación de San Miguel Arcángel y San Dionisio. Esta fue la última mezquita que tuvo la ciudad, siendo Aljama o Mezquita Mayor; pero ya en el año 1245 había sido inicialmente convertido en parroquia este edificio que antes fue mezquita, si bien se abandonó este templo durante mucho tiempo para dar servicio como mezquita a los musulmanes que decidieron quedarse en Valencia tras la Reconquista y vivían en la morería circundante ya que tenían libertad de culto y costumbres.
En el año 1902 la advocación de San Miguel pasó a la Iglesia de San Sebastián extramuros y el templo continuó como capilla ya que en ella se conservaban valiosas imágenes y cuadros que se encargaba de custodiar la allí fundada Cofradía del Arcángel San Rafael de la que adjuntamos un grabado. Entre estas obras estaba el monumental San Cristóbal de 6 metros de alto proveniente de la capilla del Gremio de Peraires de la Calle Corona que fue derribada en el año 1909 y que salía en procesión por las calles del Barrio del Carmen. Añadir además que esta iglesia estaba justo enfrente de la antigua Casa de la Misericordia y, tras ser incendiada en el año 1936, fue demolida al acabar la guerra civil.
