Es a partir de 1707, con el saqueo por las tropas borbónicas, cuando la iglesia de Xàtiva entra en un periodo crítico del que ya no logrará salir. En 1774 con Fabián y Fuero, arzobispo de Valencia, se desmembrarán las parroquias de San Pedro y Santa Tecla, que habían actuado hasta entonces como capillas auxiliares. Ya en el S.XVI, en plena Morería, se había erigido la parroquia de los Santos Juanes para intentar cristianizar a los moriscos que finalmente serían expulsados en tiempos del patriarca Ribera por hacer de sus conversiones asuntos fingidos en la mayoría de los casos. Esta iglesia sigue conservando un aspecto modesto y es conocida como “la del arrabal”. De la devoción a Santa Filomena en esta iglesia poco sabemos aunque también coincidiría en este caso con la de la iglesia de San Nicolás de Valencia.
